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生物肥料的作用机理
生物肥料的增产作用已被大量的研究试验所证实，但有关其作用机制至今仍无定论。 正常根际微生物区系颚改变 美国Klopper等人认为，生物肥料与原有的根际微生物群落相互作用，排斥并代替
生物肥料的增产作用已被大量的研究试验所证实，但有关其作用机制至今仍无定论。
正常根际微生物区系颚改变
美国Klopper等人认为，生物肥料与原有的根际微生物群落相互作用，排斥并代替了病原微生物，对根际细菌和真菌的组成产生了影响，从而间接的促进了植物生长。
土壤中某些微生物可能通过早期寄生作用或产生霉素而对植物生产有害，这类微生物称为“次要病原菌”。大量研究提示，大部分“次要病原菌”属腐霉菌，他们生活在根上，其作用是降低植物对水分和养分的吸收。由于这些菌栖居在所有土壤中，这就有可能危及到所有生长在其中的植物。因此，要发挥作物产量的最大遗传潜力，不仅需要有最好的环境和营养条件，而且还要抑制这些有害的次要病原菌。
产生刺激植物生长的物质
植物激素类 国内外一些研究都报道了微生物可以产生IAA，真菌同化L-----色菌酸以后产生的共同产物是LAA。细胞分裂素可促进细胞分裂和细胞体积的增大，并可抑制衰老。Young等报道了微生物产生的细胞分裂素在生理作用浓度范围内与植物根的伸长有很好的相关性。Primorse提出多种微生物都能产生乙烯的论断。乙烯可促进RNA和蛋白质的合成。
维生素类 早在50年代，原苏联的Ｃｏｏｐｅｒ就报道了微生物能产生维生素，如烟酸、泛酸、生物素等，维生素在生物体内是许多酶的辅酶或辅基，起着十分重要的作用。Baya等研究了根际细菌产生的维生素与磷酸二钙溶解之间的关系，发现VB12、核黄素、生物素、泛酸与溶解难溶性磷的能力有关。
核酸类 微生物在生长过程中还会分泌一些核酸类物质，刘更另等认为核酸降解物可促进根系对磷、钾的吸收，还可增强植物的光和作用。
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